Il rejoindra l'Akatsuki (organisation criminelle de puissants ninjas). Pour le compte de cette organisation, il recherche Naruto pour lui extraire Kyûbi, le démon-renard à neuf queues scellé dans son corps. Le mystère sur le fait qu'Itachi ait épargné son frère demeure durant une grande partie de l'histoire. Lors du face à face des deux frères Itachi révélera qu'il a épargné son frère, pour effectuer une transplantation des yeux de Sasuke à la place des siens, ceux-ci étant severement endommagé du à l'effet secondaire du Mangekyou Sharingan. Dans l'Akatsuki Itachi fait équipe avec Kisame Hoshigaki. Itachi en battant Deidara le contraint à intégrer l'Akatsuki.Itachi en battant Orochimaru le contraint à quitter l'Akatsuki.On note au fil des chapitres que sa dévotion envers l'Akatsuki est sans faille. Itachi reste un personnage dont les motivations se devoilent au compte goutte. Il semblerait qu'il veuille devenir l'homme le plus puissant du clan Uchiha car Madara ne serait "plus que l'ombre de lui-même" et pour cela il doit s'approprier les sharingan de son petit frère.
Itachi évoque la possibilité d'un troisième Uchiwa encore en vie car il révèle à Sasuke que si ce dernier obtient le Mangekyou Sharingan, il sera le 3e Uchiwa capable de l'activer et de l'utiliser.
Il se trouve que ce troisième Uchiwa n'est autre que son complice dans le meurtre du clan Uchiwa et son maître: le fameux Madara Uchiwa. Itachi affirme à Sasuke que Madara n'est plus que l'ombre de lui même et qu'il a pour ambition de le surpasser afin d'obtenir le titre du plus puissant Uchiwa.
Après un combat cataclysmique durant lequel il déchaine les 3 niveaux de techniques du Mangekyou Sharingan, Itachi, trop épuisé, s'écroule au sol alors qu'il est sur le point de prendre les yeux de son frère. Avant de mourir il transmet a Sasuke le Mangekyou Saringan.
Technique:
Mangekyou Sharingan :
Itachi possède une version très évoluée du Sharingan (La plus puissante forme de ce dojotsu étant acquise par Madara). On ne sait pas si le Mangekyou Sharingan permet d'être encore meilleur au combat rapproché
(Taijutsu) que le sharingan à 3 branches, mais on sait qu'il permet d'utiliser des techniques extrêmement
puissantes, correspondant à une trinité de dieux dans la mythologie japonaise : Amaterasu (Déesse du soleil),
Tsukuyomi (Dieu de la lune) et Susanoo (Dieu de l'orage). Les limites du Mangekyou Sharingan sont qu'il consomme beaucoup de chakra (après deux Tsukoyomi et un Amaterasu, Itachi est pratiquement vidé de son chakra), et semble affecter la vision de son utilisateur (Kakashi mentionne le fait que la vision d'Itachi s'est détériorée lors de leur 2e affrontement. De plus, nous apprenons dans le chapitre 385 par la parole d'Itachi lui-même que à force, le Mangekyou Sharingan rend aveugle et nous découvrons qu'il permet de controler la puissance de Kyubi.Sa pupille ressemble à un shuriken.
Tsukuyomi (Les Arcanes lunaires ou Kaléidoscope hypnotique du sharigan/Confusion des 1000 Sharingan) :
Première technique du Mangekyou Sharingan,solicitant l'oeil gauche du Mangenkyou Sharingan,cette illusion, affectant la perception visuelle de la victime, est extrêmement dangereuse puisqu'effective dans un laps de temps d'une seconde, il est pratiquement impossible de la déjouer (Itachi révèle à Sasuke que seul un autre utilisateur du Mangekyou Sharingan peut contrer cette technique. Cependant dans le chapitre 388 Sasuke réussit à le briser avec un simple sharingan). Elle plonge la victime dans le monde chaotique du Tsukuyomi où le lanceur de l'illusion contrôle temps, espace et matière, et dispose donc de l'adversaire comme d'une marionnette durant 72 heures (dans l'esprit de la victime). La douleur que l'on peut infliger est telle que, même si elle n'est qu'illusoire, l'esprit la ressent comme étant réelle, ce qui peut être insupportable voire mortel. Après avoir encaissé un Tsukuyomi, l'adversaire tombe dans un état comateux (au mieux) ou meurt (au pire).
Amaterasu (La lumière céleste):
Nom insipré de Amaterasu, déesse shintoiste du soleil, c'est la seconde technique du Mangekyou Sharingan, associée au sharingan droit. Il s' agit probablement du ninjutsu le plus puissant. Comme le trou noir de Kakashi, elle agit sur un point fixé par l'utilisateur. La technique invoque autour du point fixé une nuée de flammes d'un noir pur, suffisamment destructrices pour dévorer le feu normal lui même ou pour détruire la paroi de l'estomac du crapaud invoqué par Jiraya. Les flammes se ruent à très grande vitesse sur un point fixé par l'utilisateur en brûlant tout sur son passage. Une fois la cible touchée, il n'existe aucun moyen de stopper les flammes, à moins de les enfermer par un sceau comme le fait Jiraya, ou que l'utilisateur ferme son oeil, ce qui fait disparaître l'Amaterasu. Elle coûte énormément de chakra et, quand Itachi l'utilise contre Sasuke, son oeil droit est victime de saignements abondants.
Susanoo:
Troisième et dernière technique du Mangekyou Sharingan, ce nom est inspiré de celui de la troisième divinité shintoiste, celle de l'orage. La technique invoque une nuée de flammes prenant une forme semblable à celle d'un buste avec une tête angélique couverte par un masque colérique à long nez. Le buste est entourée de bandelettes de flammes. Il développe également deux bras, l'un tenant le miroir de Yata, un bouclier réfléchissant toute attaque, l'autre tenant une sorte de gourde pouvant créer une épée légendaire spéciale: l'épée de Totsuka, ou le katana de Sakegari. Cette épée spirituelle, sans réelle forme physique, piège tout ce qui la touche dans un genjutsu éternel plongeant la victime dans un merveilleux rêve. La lame est enchantée par une technique de sceau, un Fuinjutsu, surpuissant. Susanoo serait donc plutôt une technique d'invocation, extrêmement puissante. Cette technique a permis à Itachi de se débarrasser de Orochimaru avec une facilité déconcertante, lorsque celui-ci a refait surface lors de son combat contre Sasuke. Le buste entoure en permanence l' utilisateur, qui est ainsi sous une protection absolue et devient invincible.
L'illusion tactile (pas de nom officiel donné)
Mis à part ses yeux et ses corbeaux aux Sharingan il peut faire des genjutsu avec son index droit
Kage Bunshin no Jutsu (Clonage de l'Ombre) :
Itachi utilise fort judicieusement cette technique et crée des clones très rapidement, ce qui en fait un adversaire très dangereux. En fait Kakashi n'a même pas le temps de les voir se créer, même avec son propre Sharingan, c'est tout dire. Dans le chapitre 387 durant son combat contre Sasuke on remarque qu'il n'a pas besoin de créer de sceaux pour ce jutsu.
Suiton Bakuretsu Kage Bunshin (Clone de l'ombre explosif) :
Cette technique crée un clone explosif qui, en plus de tromper l'adversaire, peut le blesser grâce à une forte explosion.
Suiton Kaioudan
Canons à eau. De puissants et épais jets d'eau s'ecrasent sur l'adversaire
Kâton, Goukakyu no Jutsu (Élément de Feu, Grande Boule de feu, la boule de feu suprême...):
C'est une technique de feu propre aux Uchiwa qui consiste en une boule de feu soufflée sur l'adversaire . Quand un Uchiwa parvient à réaliser cette technique, il est considéré comme un homme au sein du clan. (Itachi la réalise pour la première fois à 7 ans).
Kâton, Housenka no Justu (Élément de Feu, Technique de la Balsamine):
Plusieurs boules de feu de petite taille sont envoyées en direction de l'adversaire. Souvent , des shurikens y sont dissimulés , ce qui augmente les dégats de l'attaque.
Genjutsu, Gaechi (Reflet d'illusion) :
Cette technique permet de retourner une illusion contre son utilisateur. utilisé sur Kurenai.
Genjutsu, corbeaux (Pas de nom officiel) :
Cette technique permet d'uiliser des corbeaux afin de piéger la cible dans un genjutsu tres puissant. (Il semble que la particularité du Genjutsu de Itachi est les corbeaux. En effet, on les retrouve à chaque fois qu'il effectue un genjutsu).
Il excelle aussi de manière générale dans tous les domaines, et de manière bien notés dans le Genjutsu. Itachi est aussi très doué en taijustu.
Temari et Gaara